Как известно, у макак-резус в организме присутствует белок, способный активно выводить из строя попавшие в организм частицы ВИЧ.
Исследовательская группа чикагского университета объявила об инновационном исследовании, которое объясняет, как работает иммунный белок TRIM5-альфа.
«Эти белки слаженно работают таким образом, что запирают капсиду ВИЧ в шестиугольную клетку, блокируя вирусную активность», — говорит ведущий исследователь проекта Элвин Ю.
Оказывается, часть секрета — это как раз дефекты, исключения в этой сетке, позволяющие TRIM5-альфа лишить вируса адаптации. Она опутывает любую форму, которую может принять вирус.
В ходе компьютерного моделирования и анализа было выяснено, что белок «скачет», чтобы постепенно накопиться на верхушке капсида. Затем, по мере того, как растёт сетка, белки начинают сжиматься таким образом, что в сетке начинают появляться нарушения. Ю отметил, что эти нарушения важны именно потому, что таким образом белок может адаптироваться к разным формам вирусных капсул. «Как известно, капсиды ВИЧ славятся тем, что у них большое разнообразие структуры — так что этим белкам нужно в этом плане их догонять», — говорит Ю.
Эти данные представляют ценность как для поиска лекарства от ВИЧ, так и в развитии технологий компьютерного моделирования молекулярных систем. Речь идёт о миллиардах атомов в одной точке, что никогда нельзя было бы достичь в исследовании с полным атомным разрешением.
Перевёл Максим Куклев